Pelaksanaan penjaminan mutu merupakan gambaran kualitas pelaksanaan Tri Dharma perguruan tinggi sehingga pelaksanaannya harus dipantau dan dipastikan berjalan. LPM STIKes Mitra Husada Karanganyar sebagai Lembaga yang bertanggungjawab atas pelaksanaan penjaminan mutu di setiap unit di seluruh STIKes Mitra Husada Karanganyar memandang perlu mengaudit pelaksanaan penjaminan mutu tersebut ditinjau dari 9 (Sembilan) Kriteria. Kesembilan kriteria tersebut merupakan barometer penilaian ekternal dari BAN-PT.
Sebelum dilaksanakan Audit Mutu Internal, didahului dengan koordinasi antara LPM dan Auditee untuk menentukan jadwal pelaksanaan Audit Mutu Internal. Rapat koordinasi dilaksanakan pada tanggal 13 Juli 2020
Berikut adalah pelaksanaan AMI yang sudah dilaksanakan di STIKes Mitra Husada Karanganyar untuk Tahun Akademik 2019/2020
| D3 RMIK | 30 Oktober 2020 |
| D4 MIK | 29 Oktober 2020 |
| D3 Kebidanan | 20 Oktober 2020 |
| Sarjana Keperawatan | 20 Oktober 2020 |
Hasil temuan berupa temuan observasional, ketidaksesuaian minor dan mayor. Temuan observasional dilakukan PTL di ranah Auditee masing-masing, sedangkan untuk ketidaksesuaian minor dan mayor dilaporkan ke pihak UPPS yaitu STIKes Mitra Husada Karanganyar untuk dilakukan koordinasi lebih lanjut ke Rapat Tinjauan Manajemen dan RTL.