Pelaksanaan penjaminan mutu merupakan gambaran kualitas pelaksanaan Tri Dharma perguruan tinggi sehingga pelaksanaannya harus dipantau dan dipastikan berjalan. LPM STIKes Mitra Husada Karanganyar sebagai Lembaga yang bertanggungjawab atas pelaksanaan penjaminan mutu di setiap unit di seluruh STIKes Mitra Husada Karanganyar memandang perlu mengaudit pelaksanaan penjaminan mutu tersebut ditinjau dari 9 (Sembilan) Kriteria. Kesembilan kriteria tersebut merupakan barometer penilaian ekternal dari BAN-PT. Audit Mutu Internal dilaksanakan 1 tahun sekali yaitu setelah kegiatan 1 tahun akademik berlangsung.
Sebelum dilaksanakan Audit Mutu Internal, didahului dengan koordinasi antara LPM dan Auditee untuk menentukan jadwal pelaksanaan Audit Mutu Internal. Rapat koordinasi dilaksanakan pada tanggal 21 September 2022
Berikut adalah pelaksanaan AMI yang sudah dilaksanakan di STIKes Mitra Husada Karanganyar untuk Tahun Akademik 2021/2022
| Prodi D3 RMIK | 7 November 2022 |
| Prodi D4 MIK | 18 Oktober 2022 |
| Prodi D3 Kebidanan | 25 November 2022 |
| Prodi S1 Keperawatan | 11 Oktober 2022 |
| Prodi D4 Keselamatan dan Kesehatan Kerja | 8 November 2022 |
| UPT dan Lembaga | 25 Oktober – 1 November 2022 |
Hasil temuan berupa temuan observasional, ketidaksesuaian minor dan mayor. Temuan observasional dilakukan PTL di ranah Auditee masing-masing, sedangkan untuk ketidaksesuaian minor dan mayor dilaporkan ke pihak UPPS yaitu STIKes Mitra Husada Karanganyar untuk dilakukan koordinasi lebih lanjut ke Rapat Tinjauan Manajemen dan RTL.